Final Fantasy VI se odehrává ve světě, který byl téměř zničen před tisíci lety během legendární války a za použití magie. Následkem této války byla ztracena magická síla. Výsledkem pak bylo, že lidé začali vyrábět technologii, která by nahradila magii jako primární usnadňující prostředek „dobrého života“. Tato technologie nebyla jednoduchá, ovšem fakticky se o ní nedalo říci, že je to pokročilá technologie.Svět měl velmi ubohou, průmyslovou atmosféru s lokomotivami, vzducholoděmi typu Zeppelin a dřevařskou technikou.

Jak je v RPG hrách standardem, nalezneme i zde mocnou říši, která hromadí sílu a rozpíná se na další a další území, aby získala vládu nad celým světe. Samozřejmě že panovačný císař potřebuje více než technologii k prosazování své nadvlády nad lidem, takže se císař Gestahl rozhodl, že oživí magii a použije ji jako zdroj své konečné síly.

Hráč hraje za bandu dobrodruhů, kteří se dají dohromady s rebelskou frakcí, která si říká The Returners - Navrátilci. Jejich úkolem bude vydat se na cestu, aby skoncovali s císařstvím dřív, než Gestahl a jeho armáda zničí svět.